なかなか進まないデバグ

公開済みのMCAP-CR型バスレフシミュレータプログラムのデバグに取組んでいますが、調子が悪くなると一向に進みません。
計算プログラムのデバグの一般手法は分かりませんが、たぶん、自分がやっている手法はあまり変わらないでしょう。
計算プログラムのデバグで、最も重要なのは、次の計算プロセスに対して意図した数値が渡されているか、ということです。
初期の設定値を元に、単純計算を実施し、その結果を次のステップに渡す、このような単純な繰り返しがプログラム計算だと思っています。
プログラムにする場合には、ステップ数が多いので、手計算だけで検証できることは必ずしも多くはありません。
そこで、途中で、中間計算値を、デバグ用ファイルに書き留めるコードを書き入れます。
そして、その計算値が渡された先で、正しく受け取ってるか、その値も書き留めるコードを書き込みます。
たとえば、

(Excite Blogでは、Cプログラムを文字のまま書いても何故か正しく表示されないバグがあるようなので、画像にしました)
のようなコードを延々と追加してゆき、実行の都度デバグログに目を通します。
これで解決できるバグも多いのですが、何故か良く分からないものもあります。
特に、if文が多いと、その計算がどういう条件の場合なのか、良く分からなくなります。

そもそも、自分が使っていたプログラムうに何故今頃良く分からないバグが出てくるのか、それも分かりません。
頭をひねりますが、素人プログラマの自分には、まだまだ乗り越えなければならない壁があります。

追伸：
今、構想している次期の作品は、メカニカルマトリックス共鳴管で、三分割、全部繋げると3mとなるものです。
変わるかもしれませんが。
スピーカーユニットは、秋月の300円のものを使おうかと思っています。
さてどうなるでしょうか．．．